Het is technisch nagenoeg onmogelijk dat Hitman Pro 3 legitieme programma's automatisch verwijderd. Onbekende of verdachte bestanden worden aangevraagd aan de centrale threat cache database. Als ze niet bekend zijn dan worden ze fysiek geupload naar de centrale server waar ze direct worden geïdentificeerd door virusscanners van partners (o.a. Prevx, NOD32, a-squared, etc.). Als deze scanners het bestand aanmerken als gevaarlijk dan wordt het pas gemarkeerd voor verwijdering. Je kunt voordat ze gewist worden ook zelf nog aangeven welke er wel en welke er niet af moeten - zoals bij de backdoor programma's waaronder de meeste remote control software valt. Hitman Pro 3 kijkt naar ontzettend veel eigenschappen van een bestand en hoe meer kenmerken het vertoond van malware, hoe hoger de score. Het is normaal dat Hitman Pro 3 heel soms een legitiem bestand tijdelijk aanmerkt als onbekend of verdacht. Dit is overigens alleen zichtbaar voor ervaren gebruikers die hebben aangegeven dat ze bedreigingen en betrouwbare ...