Het nieuwe besturingssysteem van Microsoft is van allerlei opties voorzien om PCs beter te beveiligen, en te voorkomen dat er ongeautoriseerde toegang tot hardware en software plaats kan vinden. Een van de opties in Longhorn is het zogenaamde "Hardware locking", waarbij een speciale chip in combinatie met het besturingssysteem bepaalt hoe de toegang tot het geheugen geregeld is. Een andere optie is User Account Protection, dat ervoor zorgt dat lokale gebruikers standaard geen volledige administrator rechten hebben.

De security in Longhorn wordt ook verbeterd door het gebruik van de Trusted Platform Module 1.2, een chip ontworpen door de non-profit organisatie Trusted Computing Group. De chip wordt al geproduceerd door Inifeon, National Semiconductor en Broadcom, en werkt als een kluis voor het opslaan van wachtwoorden en vertrouwelijke identiteitsgegevens. Als een computer wordt gestolen moet de dief niet alleen toegang tot de computer krijgen, maar ook tot de chip. Volgens Microsoft zijn vertrouwelijke gegevens hierdoor in 99% van de aanvallen veilig.