Volgens het College Bescherming Persoonsgegevens (CBP) vormt de invoering van de bodyscan op Schiphol geen schending van de privacy, waarmee het lijnrecht tegenover privacywaakhond Bits of Freedom staat. Jacob Kohnstamm liet tegenover BNR weten dat veiligheid en privacy in dit geval heel goed samengaan, als de juiste technologie maar wordt gebruikt. Eerder op de dag waarschuwde Bits of Freedom dat de introductie van "naaktscanners" onwenselijk is. De apparaten zouden juist wel een stevige inbreuk op de privacy en de lichamelijke integriteit maken, brengen hoge kosten met zich mee en de gezondheidseffecten staan niet vast. "In plaats daarvan moet het kabinet onderzoeken waarom bestaande maatregelen hebben gefaald", aldus BoF directeur Ot van Dalen.

Ook in Amerika is het debat losgebarsten of de bodyscan wel toelaatbaar is. De angst bestaat dat de naaktfoto's straks op het internet belanden. Daarnaast wijzen critici erop dat de bodyscan geen wondermiddel is. "De grote vraag is het balanceren van de noodzaak voor persoonlijke privacy en de beveiliging van ons land", zegt Republikein Jason Chaffetz. Hij steunde een voorstel waarin de bodyscan alleen als secondaire screening ingezet mag worden en dat het kopiëren van afbeeldingen strafbaar wordt. Het voorstel is niet door de Senaat gekomen. Chaffetz merkt op dat hij zo veilig als mogelijk is wil vliegen. "Ik denk alleen niet dat iemand mijn 8-jarige naakt hoeft te zien om het vliegtuig te beveiligen."

Verspilling
Bruce Schneier is kritisch over de bodyscan en daar verandert de mislukte aanslag niets aan. "Als er honderd tactieken zijn en ik bescherm er tegen twee, dan maak ik je niet veiliger. Als we bodyscans gebruiken, dan gaan ze iets anders doen." De miljoenen euro's die de overheid aan de nieuwe apparaten uitgeeft zijn volgens hem beter besteedt aan onderzoek en het verkrijgen van informatie om terroristen te vinden voordat ze op het vliegveld aankomen. Het Amerikaanse Electronic Privacy Information Center is voorstander van de bodyscan, zolang de beelden maar niet worden opgeslagen.