Begin oktober maakte Nessus bekend dat het haar broncode niet meer aan iedereen ter beschikking zou stellen. De broncode van de "vulnerability scanner", die als een van populairste gratis security tools ter wereld wordt beschouwd, zou door de concurrenten van Nessus worden misbruikt. Daarom besloot men om de nieuwe versie Nessus 3 niet meer onder GPL uit te geven.

Voor Nessus 3 heeft men de Nessus engine herschreven, waardoor het scannen nog sneller en efficienter gaat. Hierdoor is Nessus 3 gemiddeld twee keer zo snel als Nessus 2. Nessus 3 bevat tevens de volgende verbeteringen:

* Nieuwe NASL3 engine
* Verbeterd plugin opslag om sneller op te starten
* Verbeterde netwerk functies
* Nieuwe scanner architectuur die robuust en efficient is
* De Nessus daemon haalt plugins automatisch binnen
* Verbeterde afhandeling van fouten

Nessus 3 is er voor de volgende platformen:
* Red Hat ES3 en ES4
* SuSE 9.3 en 10.0
* FreeBSD 5 en 6
* Fedora Core 4
* Debian 3.1

Vanaf begin 2006 zal men ook de volgende platformen ondersteunen:
* Mac OS X 10.3 en 10.4
* Microsoft Windows 2000/XP Pro/2003
* Solaris 9 en 10