"handmatige verwijdering" betekend in zulk geval eigenlijk "niet automatisch".
M.a.w : je virusscanner zal een rapport opstellen waarin vermeldt staat, op
welke locaties (register en mappen) zij malware heeft gevonden.
Meestal zijn het online scanners (zoals Kaspersky) die zo'n rapport genereren.
Gewoonlijk staat de naam van de malware vermeldt en kan je via Googlen
beginnen te zoeken of er toch misschien een "removal tool" bestaat.
Indien niet, vermelden de meeste (gerenomeerde) antivirus sites, een
procedure om "handmatig" de malware te verwijderen.
Voor je zoiets doet, is het steeds aan te bevelen om een herstelpunt aan te
maken. In geval er dan iets mis gaat, kan je steeds naar dat herstelpunt
terugkeren.
Zelfs Kaspersky (online scan) durft al eens false positives te melden. Hij ziet
bievoorbeeld mijn Armor Online firewall en PicoBackup beide als een trojan
respectievelijk keylogger.