.NET is nog niet helemaal crossplatform, maar wordt via Mono wel ondersteund op Linux.
De keuze hangt helemaal af van wat je er mee wil gaan doen.
Als je applicaties wilt gaan ontwikkelen voor GUI's is .NET erg handig.
Maar wil je vooral mobile apps maken dan is Java een goede keuzen.
Webapplicaties en Java (TomCat)? No ******* way.... ( gebruik gewoon PHP ;) )
En onthoud, alleen omdat het crosplatform is wil niet zeggen dat het goed is.
Met andere woorden: "Saying that Java is nice because it works on all OS's is like saying that anal sex is nice because it works on all genders"