Zou om een BIOS instellingenprobleem kunnen gaan. Kijk eens naar bootvolgorde, als die iets is als:
1) USB drive
2) Internal harddisk
3) External harddisk
zou je de beschreven situatie kunnen krijgen.
D.w.z. de BIOS maakt onderscheid tussen enerzijds (vaak FAT geformatteerde en/of zonder MBR) USB geheugensticks en anderzijds bijv.via USB aangesloten externe harddisks. Anders heb ik geen idee.