Door Woopie: Je mag in principe nooit programma's installeren buiten de 'bronnen' van Mint zelf om. Zoals je het nu wilt doen is veel te gevaarlijk en kan je systeem onstabiel worden.
Zoals Anoniem zegt: dat is wel erg kort door de bocht (en geldt naar mijn mening nog wel sterker voor een Windows systeem.)
De basisregels als "Weet wat je installeert" en "Download uit betrouwbare bron" blijven gelden. Wat je moet weten is dat alle door Mint geleverde applicaties hun veilheidsupdates krijgen als je Mint update, software die je zelf installeert normaal gesproken niet. (Je kunt wel "third party" repositories instellen in de updater, maar dat betekent dat je die repositories moet vertrouwen; ook dat ze geen systeembestanden vernielen, trojaniseren, etc.)
Als je third party software wilt installeren kun je dat onder Linux op een aantal plaatsen doen zonder het package management in de wielen te rijden. Je kunt de software (alleen voor jezelf) in je home-directory installeren, voor software die je voor alle gebruikers beschikbaar wilt maken is de directory /usr/local bestemd. De /opt directory wordt daar ook wel voor gebruikt.
Het makkelijkst is een binary Mint package via package management te installeren. Met wat meer moeite (en minder garantie dat het werkt) kun je een algemene Linux applicatie proberen te installeren. Geavanceerder is programma's in source vorm downloaden en dan zelf compileren. Met een beetje meer moeite kun je ook je eigen .deb packages maken en zelf gecompileerde software via de package manager installeren.