IK hoop dat wanneer je een oude apple partitie hebt,het gewoon nog gebruikt kan worden,dat je nog niet verplicht bent om apfs te gebruiken.
Neem een voorbeeld aan Linux waar ook verschillende file systemen mogelijk zijn en blijven.
Want in het geval van apfs moeten alle applicaties die nu draaien op een mac of Ios ook worden bijgewerkt zodat ze probleemloos over kunnen stappen om APFS te kunnen gebruiken.
Dus Apple moet wel een oplosing vinden denk ik om alles naadloos te kunnen transformeren naar APFS zonder dat de gebruiker er last van heeft.

Dat zal op zijn minst de intentie zijn van Apple want anders gaat het haar klanten kosten.

Verder valt het nog niet (goed) te overzien want dit systeem is nog niet voor MacOs uitgebracht.
Je veronderstelde probleem zou zich kunnen voordoen wanneer je meerdere partities op een schijf hebt staan met verschillende Mac OS X versies waarbij niet alle OS X versies APFS ondersteunen.

Maar, omdat Apple de laatste jaren meestal ongeveer de drie laatste besturingssystemen ondersteund met (zij het variabele) support maar ten minste security support en dit pas vermoedelijk ingaat per MacOS 10.13, heb je voldoende rek om even niet te upgraden en nog wel twee supported versies van systemen te kijken hoe één en ander zich ontwikkelt.

Dus tegen de tijd dat MacOS 10.15 zich aandient wordt jouw veronderstelde mogelijke probleem een punt om op te letten en eindelijk goed uit te zoeken.

Met een externe disk gaan werken kan natuurlijk ook, waarschijnlijk zelfs de toekomst bij meer en meer vastgesoldeerde elementen als nu ook met een onvervangbare vastgesoldeerde SSD op het moederboard (!!).
Dat levert een snelle Mac op maar ook een veel snellere levensduur of een extreem veel kostbaardere Mac (wat al niet lollig meer was maar dan al helemaal niet meer).