De meest gebruikersvriendelijke implementatie van One-Time-Password dat ik heb kunnen vinden is Google Two Factor Authentication. I.c.m. met de Google Authenticator applicatie op je mobiel heb je denk ik wel een relatief veilige setup.
Je kan het zelfs gebruiken om je SSH verbindingen mee te beveiligen ( https://scottlinux.com/2013/06/02/use-google-authenticator-for-two-factor-ssh-authentication-in-linux/ )

Nu zegt Google ook open standaarden te gebruiken en is de Google Authenticator applicatie open source.

Maar ik begrijp uit de documentatie is dat je nog steeds moet verbinden met de Google OAuth 2.0 Authorization Server.
( https://developers.google.com/accounts/docs/OAuth2 )

Nu ben ik geen beveiligings expert, maar als google de sleutels uitdeelt, heeft Google die sleutel ook. Right? Lijkt mij niet handig om deze bij een derde partij te hebben liggen, laat staan dat deze ze voor je aanmaakt.
Ook vanuit privacy opzicht is het denk ik een slecht idee Google te gebruiken, weten zij straks waar en wanneer dat ik wil inloggen op me server?

Is een Implementatie zoals LinOTP dan misschien niet beter? ( http://linotp.org/ )

Ik wil een eigen server gaan draaien en zoek naar degelijke en toch gebruikersvriendelijke manieren om deze goed te beveiligen en Two Factor Authentication is denk ik een stap in de goede richting.