De Google Desktop vormt een bedreiging voor de privacy van de gebruiker, zo heeft een rivaal van de zoekmachine gewaarschuwd. Volgens David Burns, CEO van Copernic, moeten gebruikers weten dat Google van plan is om publieke en private zoekopdrachten in de toekomst te combineren en dit te gebruiken voor haar meest winstgevende produkt, contextueel adverteren. "Als je aan mensen zou vragen of ze zouden willen dat Google weet wat voor plaatjes en MP3 bestanden ze hebben, dan denk ik dat niet veel mensen dit willen," aldus Burns, die soortgelijke mogelijkheden in het verleden al aan verschillende partijen heeft aangeboden, maar altijd werd tegengehouden. Het is voor gebruikers van Google Desktop Search niet mogelijk om volledig te voorkomen dat er gedetailleerde gegevens verstuurd worden. Wat volgens Burns veel gevaarlijker is, is dat Google zelf heeft laten weten dat het verwacht dat de zoekopdrachten meer hits voor google.com zullen opleveren. Google denkt dat de meeste mensen persoonlijke en web zoekopdrachten zullen combineren, wat uiteindelijk meer voor de advertentiediensten van Google zal opleveren, aldus dit artikel.